Broager Kirke er blevet ændret adskillige gange gennem de mange år, den har eksisteret. Sidst i 1990-erne, hvor der blev foretaget en gennemgribende rensning af kalkmalerierne, blev farverne i kirken forandret, så kirken nu fremstår i lyse toner, prædikestol og døbefond er flyttet. Endvidere er altertavlen flyttet fra sin plads over alteret, således at de tre vinduer i apsis er synlige.Restaureringen er sket i samarbejde med arkitekterne Hans Lund og Alan Havsteen-Mikkelsen. Sidst nævnte har bl.a. tegnet ny alterskranke samt lavet glasmosaikken i midter vinduet i apsis.
Altertavlen
er siden 2001 placeret i søndre korsarm. Den er fra 1717 og udført af sønderborgeren Anthon Günther Lundt. Stilen er barok med rankeværk af akkantus.Tavlens 2 søjler indrammer billeder af Korsfæstelsen og Nadveren. Under topstykket ses Nedtagelsen af korset. Dette ovale billedparti blev fjernet ved restaureringen 1923 – 27 for at skaffe plads til det da genfundne kalkmaleri over alteret.
Ved den sidste restaurering påbegyndt i 1993 flyttedes altertavlen fra alteret til sideskibet mod syd, og her blev der plads til dens oprindelige størrelse. Samtidig gennemgik altertavlen en grundig istandsættelse.
Markus: okse Matthæus: menneske
Lukas: løve Johannes: ørn
Døbefont
Fonten er romansk, sammensat af to granitarter: en rødlig kumme på en grålig fod. De 4 mands hoveder på foden er sirligt udhuggede. Hovederne er modstillet to og to. To med page hår uden skæg og to med midterskilning og skæg.Fonten kan være lige så gammel som kirken, dvs. fra o. 1200 fontelåget er en krone af træ fra 1780'erne.
Dåbsfadet af messing er fra samme tid.
Hatteknage
Tre agtværdige borgere fra Skodsbøl: Knutzen, Wilhelmsen og Thøisen har brugt denne hatteknage, da der endnu var pulpitur, »balkon«, på skibets sydvæg.
Krucifiks
Krucifikset fra ca. 1250 er en blandingstype mellem senromansk og unggotisk. Det er et såkaldt lægmandskrucifiks, beregnet til at hænge under buen ind til koret midt for lægfolket i hovedskibet. Et typisk romansk krucifiks er et sejrskrucifiks, der fremstiller Kristus som dødens overmand. Han står på korset med hovedet løftet og med kongekrone. Han har ingen blod- og sårmærker.
Et typisk gotisk krucifiks er et lidelseskrucifiks. Kristus er det lidende menneske med ansigtet fortrukket i smerte og med blødende og gabende sår. Han hænger på korset og har en tornekrone på hovedet.
Krucifikset er restaureret i 2003.
Lydhimmel
Prædikestolens lydhimmel, ca. 1790, har 3 topstykker med hver sin dydsfigur.
Håbet symboliseres ved en kvinde med anker og fugl Fønix, der genopstod af sin egen aske. Styrke symboliseres ved kvinde med søjle. Retfærdigheden er en kvinde (Justitia) med sværd og vægt, men ikke bind for øjnene i denne udgave.
Symbolerne er mere hedenske end kristne. Dyderne var romerske gudinder.
Prædikestol
i renæssancestil er dateret 1591.De 6 billedfelter med tilhørende skriftsteder viser: Syndefaldet i Genesis III (1. Mosebog 3), Moses og den helbredende kobberslange i Numerii XXI (4. Mosebog 21), Kristi fødsel i Lucæ II (Lukas 2), korsfæstelsen i Marci XVI (Markus 16), opstandelsen i Matthæi XXVII (Mattæus 27) og genkomsten i Matthæi XXV (Mattæus 25).
Stolens stil, datering og de tyske indskrifter viser, at den er af tidlig flensborgsk type.
Den er sandsynligvis ikke et arbejde af Hinrich Ringerinck, Flensborg, men snarere lavet af hans læremester Johan von Bre men, grundlæggeren af den flensborgske type prædikestole.
Sidealtre
I kirken er der til højre og venstre for korbuen nicher til sidealtre beregnet på lægfolket. I Maria-siden, den venstre, var kvindernes alter. Højre side er Johannes´ side. Her var mændenes alter. Til disse altre bragtes offergaver til kirke og præsteskab.