Broager Kirke er blevet ændret adskillige gange gennem de mange år, den har eksisteret. Sidst i 1990´erne, hvor der blev foretaget en gennemgribende rensning af kalkmalerierne, blev farverne i kirken forandret, så kirken nu fremstår i lyse toner, prædikestol og døbefond er flyttet. Endvidere er altertavlen flyttet fra sin plads over alteret, således at de tre vinduer i apsis er synlige.

Restaureringen er sket i samarbejde med arkitekterne Hans Lund og Alan Havsteen-Mikkelsen. Sidst nævnte har bl.a. tegnet ny alterskranke samt lavet glasmosaikken i midter vinduet i apsis.